在蛋白质组学研究中，准确的蛋白质定量技术是揭示生物过程变化的核心。iTRAQ和SILAC作为两种广泛应用的蛋白质定量方法，各自具备独特优势与局限。理解两者的技术原理、适用场景与关键差异，对于制定高效可靠的实验方案至关重要。

一、iTRAQ与SILAC的基本原理解析

1、iTRAQ技术简介

iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation）是基于同位素标记的定量策略，通过在蛋白质酶解后的肽段上进行化学标记，使不同样本中的同一肽段在质谱中产生不同质量的报告离子。通过测量报告离子强度，可以推算出各样本中蛋白质的相对丰度。iTRAQ支持4-plex、8-plex甚至16-plex标记，适合多样本同时分析。

2、SILAC技术简介

SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture）则是一种代谢性标记技术，通过向细胞培养基中添加含稳定同位素的必需氨基酸，使细胞在生长过程中将标记氨基酸自然整合到蛋白质中。轻重肽段在质谱检测时表现出可区分的质量差异，实现样本间的相对定量。SILAC标记效率高、实验流程简洁，特别适用于动态变化分析。

二、iTRAQ与SILAC的应用特性比较

1、样本类型适用性

• iTRAQ适用于各种类型的蛋白质样本，包括细胞、组织、血浆、血清及临床样本。由于标记在肽段水平进行，不依赖于细胞培养，可灵活应用于各种生物材料。
• SILAC则主要用于可以体外培养的细胞系，例如HeLa、293T等人源细胞。对于不可培养或难以标记的样本，如组织切片或血液样本，SILAC不适用。

2、定量精度与信号一致性

• iTRAQ在复杂样本中可能出现比值压缩（Ratio Compression）现象，即低丰度信号被背景噪声稀释，导致实际差异低估。但借助高分辨质谱仪器与优化分离技术，可以有效减轻这一影响。
• SILAC因标记在细胞生长阶段完成，避免了酶解或后处理过程中的人为偏差，定量结果高度准确，适合追踪微小的表达变化。

3、实验通量与数据规模

• iTRAQ支持高通量分析，一次性处理4-16个样本，大幅提高了数据生成速度，适合多组别、多变量的大规模项目，如药物筛选、时间序列分析。
• SILAC通常处理2-3个条件组（轻、中、重标签），适合处理简单的实验设计，例如药物处理前后或敲除/过表达实验，但在处理复杂实验时存在一定限制。

三、选择蛋白质定量技术的关键考量因素

1、研究目标与实验设计

• 若需要比较多个实验组，如多剂量梯度、多时间点采样或多临床样本分析，iTRAQ凭借高通量能力更能胜任。
• 若研究关注动态生物过程，如细胞信号通路响应、蛋白质翻译后修饰变化等，且样本为可培养细胞，SILAC以其高准确性和低变异性更具优势。

2、样本来源与制备条件

• 当实验材料为血清、血浆、组织或固定样本，可以选择iTRAQ。iTRAQ不依赖细胞代谢活性，因此能覆盖更广泛的样本类型。
• 对于体外培养且能耐受同位素标记培养基的细胞系，SILAC可以实现近乎无偏差的内源标记，适合高精度需求的基础研究。

3、数据分析需求与技术挑战

• iTRAQ实验数据较大，且由于比值压缩效应，数据分析需要使用高效、专门的软件工具（如Proteome Discoverer），并结合正交验证方法增加可信度。
• SILAC数据相对简洁，轻重肽段对应，便于初步分析和定量，但当涉及多重修饰或多状态比较时，数据处理也需专业软件支持，如MaxQuant。

iTRAQ与SILAC作为蛋白质定量的两大主流技术，各自在不同研究需求中展现出独特优势。合理评估实验样本、研究目标、预算及实验条件，科学选择适合的定量方法，将直接决定项目的效率与数据质量。在追求精准科学探索的道路上，百泰派克生物科技致力于为科研人员提供专业、高效、可信赖的定量蛋白组分析服务，与您携手推进生命科学的边界。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

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