在蛋白质组学与生物药研发中，肽段分析是理解蛋白结构、功能及其变化的重要手段。肽图谱分析（Peptide Mapping）和肽序列分析（Peptide Sequencing）虽常被提及，却属于技术路径与研究目标显著不同的两类方法。本文将系统阐释二者的技术原理、应用场景及核心差异，帮助科研人员准确选择适配的分析策略。

一、什么是肽图谱分析？

肽图谱分析是一种结构验证技术，基于对目标蛋白进行酶切并检测其肽段构成与分布，通过LC-MS对照理论图谱进行匹配分析。该方法强调图谱的整体轮廓是否与预期一致，主要用于结构确认与质量控制。

※ 技术流程

• 选用特异性蛋白酶（如胰蛋白酶）对蛋白质进行酶切；
• 使用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）检测肽段；
• 将检测到的肽段与参考序列生成的理论酶切图谱比对。

※ 应用方向

• 蛋白结构完整性验证：检测突变、缺失或修饰；
• 质量一致性评估：如生物药工艺批次间差异比对；
• 修饰位点覆盖性检查：如磷酸化、糖基化修饰前筛选。

※ 该方法关注的是肽段的覆盖率、分布模式和图谱重复性，并不追求每个肽段的精确一级结构解析。

二、什么是肽序列分析？

肽序列分析则以解析肽段中氨基酸排列顺序为核心，属于结构解析深度更高的技术路径，能实现未知肽段的定序识别。该方法依赖高质量的MS/MS碎裂谱图及精确的数据库或算法辅助解析。

※ 技术路径

• 数据库搜索测序：将MS/MS数据与已知蛋白数据库匹配；
• de novo测序：无需数据库，基于谱图信息直接推断序列；
• 杂交策略：结合数据库匹配与算法建模提升覆盖率与准确度。

※ 应用方向

• 未知蛋白或新抗原识别；
• 突变位点精确定位与确认；
• 抗体轻重链定序与功能肽段解析；
• 蛋白翻译后修饰精准定位。

※ 该方法的优势在于逐条肽段的结构重建能力，对谱图质量、碎裂类型和算法参数要求较高，适用于结构探索和功能研究。

三、核心技术差异分析

四、两种方法的互补性与选择建议

尽管两者技术机制不同，但在实际项目中常呈现互补关系：

• 若研究目标为蛋白结构确认、批间一致性比对或翻译后修饰全景覆盖，推荐优先使用肽图谱分析；
• 若关注蛋白序列变异、结构域解析、突变检测或未知蛋白识别，则应选择肽序列分析；
• 在复杂样本中，二者可结合使用，实现从宏观覆盖到微观结构的多层次解析。

选择策略应基于样本来源（重组蛋白/天然蛋白/复杂混合物）、目标蛋白的已知程度、对结构解析的深度需求以及下游功能验证的依赖程度。

肽图谱分析与肽序列分析在蛋白质组学研究中承担着不同但互补的角色。前者聚焦宏观结构一致性验证，后者则深入微观序列层面的重建与解析。明确两者差异，有助于提高实验效率、优化数据解读逻辑，并指导后续生物功能研究。如果您在蛋白质结构分析、抗体定序或翻译后修饰研究中需要专业支持，欢迎联系百泰派克生物科技，获取量身定制的质谱解决方案与专业技术咨询！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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