血浆是生命体最复杂且最具研究价值的样本类型之一。它不仅承载着全身组织释放的蛋白质信息，还因其采样简便、稳定性高而被广泛用于生物标志物筛选、疾病早期诊断及精准医学研究。然而，血浆蛋白组面临两大挑战：

1、动态范围极大（>10¹⁰）——少数高丰度蛋白（如白蛋白、球蛋白）占据>90%总量；

2、蛋白浓度跨度广泛——干扰低丰度信号检测。

在此背景下，SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of All Theoretical Fragment Ion Spectra） 以其独特的数据采集方式和卓越的定量能力，成为血浆蛋白质组学研究中不可或缺的利器。

一、SWATH-MS技术简介

SWATH-MS 是一种基于数据独立采集（DIA） 的质谱技术，不再依赖DDA中“采强不采弱”的离子选择方式，而是：将全扫描范围划分为多个固定宽度的m/z窗口；在每个窗口内同时碎裂所有离子；全面记录碎片离子信息，构建高覆盖、可重分析的数据档案。这种“无偏采集”方式特别适合用于如血浆这类复杂度高、浓度跨度大的体液样本。

二、SWATH-MS在血浆蛋白质组学中的核心优势

1、高动态范围覆盖，识别低丰度蛋白

血浆中有近百种蛋白质丰度差异超过10⁶倍。传统DDA质谱容易被高丰度蛋白“淹没”，导致低丰度蛋白无法检测。SWATH-MS通过全窗口无选择采集 + 高分辨率检测器，显著提高了低丰度蛋白的识别能力。文献表明，经优化样本预处理（如高丰度蛋白去除）和深度谱库支持后，SWATH可在血浆中稳定检测>1000种蛋白。百泰派克生物科技已建立优化的血浆样本处理流程，并结合多轮肽段富集与清洗技术，确保最大限度呈现低丰度生物标志物。

2、重复性高，适合大队列临床样本分析

临床队列样本常因样本量大、批次多而对数据一致性要求极高。SWATH-MS由于采集模式固定、受离子丰度波动影响小，其技术重复性优于DDA和标签定量法。在实际应用中，SWATH-MS在血浆样本中蛋白定量变异系数（CV）通常低于20%，非常适合慢病、肿瘤等大队列生物标志物研究。

3、数据可重用，支持跨项目整合

由于SWATH-MS记录的是全谱信息，研究人员可以在不重新实验的前提下：

（1）使用新谱库挖掘旧数据

（2）针对感兴趣通路重新定量

（3）跨队列比较、整合分析

这在样本难以重复采集的临床研究中尤其关键。百泰派克生物科技提供原始数据归档与可追溯支持，客户可基于相同数据开展后续研究，提升项目生命周期产出比。

4、无标记高通量定量，成本效益兼顾

相比TMT/iTRAQ等标记法，SWATH-MS：

（1）无需昂贵标签

（2）样本数量不受限制

（3）适配多类型临床样本

在样本量大、预算敏感的研究中（如流行病学、药物临床前研究），SWATH-MS提供了性价比极高的血浆蛋白质组学定量解决方案。

三、血浆蛋白SWATH-MS的应用

1、生物标志物筛选

在肿瘤、心血管疾病、糖尿病等研究中，SWATH-MS能够在无需标记的条件下，跨数百个临床样本中稳定定量数千种蛋白，并支持后续差异分析和生物学注释。

2、疾病亚型分型与机制研究

借助SWATH-MS的全景定量能力，研究人员可以系统比较不同疾病亚型（如I型/II型糖尿病、HR+/TNBC乳腺癌）之间的血浆蛋白表达差异，揭示其潜在机制。

3、药物作用监测与伴随诊断

在新药临床前或临床研究中，SWATH-MS可以用于评估药物对特定信号通路蛋白的调控效应，并支持个体化疗效预测。优势：一次实验即可监测多个靶点及其上下游影响，节省成本与时间

4、大规模队列队列蛋白组谱构建

利用SWATH-MS对队列中所有样本统一进行无标记定量，为后续多组学整合（如转录组、代谢组）提供稳固基础。

四、血浆SWATH-MS实验注意事项

1、样本预处理：高丰度蛋白去除（如Top14脱除）、蛋白浓度统一

2、标准化策略：建议引入iRT或内标蛋白，保障跨批次一致性

3、谱库构建：优选使用深度血浆专用谱库或预测谱库（如DIA-NN）

4、QC监控：全流程质控（CV分布、峰形、肽段重复性）是关键

百泰派克生物科技拥有成熟的临床样本处理标准和质控体系，保证每一例血浆SWATH数据科学、稳定、可追溯。

百泰派克生物科技：血浆蛋白SWATH解决方案

我们为多家科研院所与生物医药企业提供血浆蛋白组学服务，涵盖：

1、高丰度蛋白去除+蛋白定量策略优化

2、专属血浆DDA谱库构建或DIA-NN预测库定制

3、SWATH-MS数据采集、标准化定量和差异分析

4、生物标志物筛选、通路富集与临床关联挖掘

从样本到数据，从发现到机制，百泰派克助您解码血浆蛋白背后的“健康语言”。SWATH-MS以其高覆盖、高一致性和可重分析的优势，已成为血浆蛋白质组学研究中的重要技术选择。尤其在面对低丰度蛋白识别和大规模样本处理挑战时，SWATH-MS展现了前所未有的应用潜力。欢迎联系我们百泰派克生物科技，了解血浆SWATH-MS方案与案例，我们愿为您的转化研究或标志物发现项目保驾护航。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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