一、什么是De Novo单克隆抗体测序？

De Novo抗体测序是指不依赖参考数据库，通过高分辨率质谱（LC-MS/MS）对酶解抗体肽段进行MS/MS碎片分析，利用算法从碎片峰图中逐步推断氨基酸序列，并拼接出完整的单克隆抗体序列的技术。

与传统的数据库比对型测序不同，De Novo测序不需要任何已知基因信息或参考序列，它完全从蛋白出发，向结构还原。尤其在抗体中，最关键的区域是可变区（Variable region）中的互补决定区（CDR），而这些序列恰恰在公共数据库中难以查找，因此只有De Novo测序能够真正实现高变异性抗体的结构解析。

在完整流程中，一项高质量的单克隆抗体De Novo测序项目通常包括以下几个步骤：

• 抗体蛋白样本纯化与质控；
• 多酶酶解（Trypsin、Chymotrypsin等）生成高覆盖肽段；
• 高分辨率质谱采集肽段的碎片图谱；
• 使用De Novo算法（如PEAKS、Novor）进行肽段序列推断；
• 序列拼接与完整结构重建；
• 人工校对、修饰识别、建模比对与（可选）表达验证。

二、技术优势：为何选择De Novo单克隆抗体测序？

1、不依赖基因，不受表达限制 许多抗体样本（如临床来源、动物免疫、第三方采购）无法获取原始B细胞或表达载体，传统基因测序方法无法开展。De Novo测序直接从蛋白出发，无需DNA/RNA信息，是

唯一适用的结构解析方式。

2、高度适应结构变异，覆盖CDR等关键区域 抗体的可变区，尤其是CDR1~3区域，是功能位点的核心，但序列高度多变，几乎难以在数据库中找到匹配。De Novo测序基于碎片实际质量差推断，

天然支持新变异、新结构识别，适合抗体工程设计与亲和力改造研究。

3、可同时识别修饰信息，揭示抗体真实构象 抗体天然具有糖基化、脱酰胺、氧化等翻译后修饰（PTMs），而这些修饰往往决定稳定性与功能。De Novo测序能在解析序列的同时，

同步捕捉修饰位点与修饰类型，揭示抗体在表达体系下的真实状态。

4、可延伸为表达模板，用于结构复现 通过序列反向设计，De Novo结果可直接转化为cDNA模板，实现抗体重组表达。适用于老抗体复现、功能验证、结构建模与专利规避设计等需求。

三、实际应用场景：从科研探索到产业转化

1、老抗体序列回溯

当实验室已有一支功能抗体（来源未知/来源丢失），需用于重组表达或专利注册，De Novo测序可还原完整结构，实现功能性“复刻”。

2、商业抗体比对与验证

用于分析不同厂商生产的相同标号抗体是否真正一致，是否存在突变、修饰差异或批间变异。

3、抗体药开发中的一致性研究

对抗体药物在不同表达系统（如CHO vs HEK293）、不同工艺条件下的产物进行结构比对与一致性评估，满足IND/BLA申报材料要求。

4、抗体专利设计与规避

基于De Novo结果识别已授权抗体药的结构特征，设计具有序列差异而功能相近的“绕开型抗体”，辅助新药研发中的IP策略规划。

5、疫苗或免疫研究中的抗体筛选

从动物免疫血清中，通过De Novo单克隆抗体测序挖掘出高亲和抗体的关键CDR序列，用于重组筛选与亲和力成熟。

四、百泰派克生物科技的De Novo抗体测序解决方案

在百泰派克，我们构建了一套专注于抗体级别结构解析的De Novo平台，结合实验策略、数据处理与生物信息一体化交付，确保每一例项目都具备高覆盖、高准确度、高可重组性。

1、多酶并行酶解设计：提升CDR等“难覆盖区域”识别能力；

2、双平台质谱采集（Orbitrap × timsTOF）：兼顾分辨率与通量；

3、自主拼接算法 + 手工复核机制：保障序列准确性；

4、修饰识别、结构建模、差异比对等增值模块：支持从研究到IND申报；

5、可选CHO表达验证服务：从蛋白到功能的闭环交付。

我们已成功为抗体药企、研究型医院、疫苗企业及高校课题组，完成数百例抗体结构解析与表达项目，广泛应用于老抗体复现、药物一致性比对、结构差异分析、免疫谱筛选等任务中。

在抗体功能明确但序列未知的场景中，De Novo单克隆抗体测序为结构重建提供了一条切实可行、科学高效的路径。它不止解决了“序列可得”的问题，更帮助研究者向“结构可控、表达可复现、专利可规划”的目标迈进一步。如果你手中有无法追溯序列来源的抗体样本，或者你正处于抗体表达、重构或一致性研究阶段，De Novo抗体测序都值得纳入你的核心技术选项。欢迎联系百泰派克技术团队，获取样本评估、项目方案与参考报告。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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